歌羅西書為保羅所作一事已有確據，但今日一些學者仍有質疑，其疑點可歸納為神學思想和寫作風格兩方面。
1. 神學思想方面
在某些神學觀點的表達上，歌羅西書似有異於保羅其他各書。
其一是歌羅西書以一章15至20節對基督的頌讚為全書基督論的立論基礎。經文說：基督「是首生的，在一切被造的以先」；萬有的起源和存在全在於祂；在祂身上有神體的「豐盛」；祂的死不只是對罪、對律法、對死亡的勝利，更是對宇宙中之權能和力量的勝利。一些學者據此而以為歌羅西書中的基督論較保羅其他各書更為「超越」。但保羅之高舉基督乃是他始終如一的特點。他在哥林多前書八章6節宣告耶穌基督是萬物之源；在腓立比書二章6至11節的另一首頌讚中，指明耶穌基督是君臨宇宙萬有的主。至於歌羅西書中有關基督的陳述，則全然是出於當時處境的需要，因為歌羅西教會出現的異端邪說使保羅必須作出聲明。
另外，歌羅西書的末世論及有關洗禮的教義，似有異於保羅其他各書之處。保羅在哥林多書信中論述末世的事時，是以猶太教的「兩世論」為基礎。該論以為「今世」是在邪惡勢力的蹂躪之下，而在「來世」，上帝便要將世界從魔鬼手中解救出來。保羅卻認為「來世」隨著耶穌的第一次降世已經來到（惟尚未完全），他認為基督兩次降世之間的時代是一個充滿衝突的時代。
「基督必要作王，等上帝把一切仇敵都放在他的腳下。」（林前15:25）
基督的使命，就是從魔鬼的掌握之下解救這個世界，不過這衝突一直要等到祂再來時才會結束。故基督徒要在對主再來的切盼下生活。但歌羅西書所強調的，似非企盼那未來的因素（參西3:1-4），而是強調那已存在於天上的盼望（西1:27）。
至於歌羅西書的洗禮觀也因強調已實現之盼望的影響，而有異於保羅在其他各書中所表述的觀點。保羅在羅馬書中指出，受洗的基督徒因信與復活的基督一同活著，並滿懷希望地等待將來的復活（羅6:1-11；尤見於5、8節）；歌羅西書則認為，受洗的基督徒不僅與基督同死，且已經與祂同復活了（西2:12、13，3:1），信徒對未來的希望就不在於復活，而在於那「與基督一同藏在神裏面」的生命的顯現（西3:2、3）。再者，保羅在羅馬書中說，基督徒受洗就是在罪上死了，因此就不再作罪的奴僕；而歌羅西書卻說基督徒在基督裏，就在「世上的小學」上死了（西2:20）。所謂「世上的小學」，一些人解釋為世上宗教的基本教訓，但就歌羅西書來看，顯然是指「宇宙的基本精神」（修訂標準譯本）。不管如何解釋，歌羅西書所強調的，似與羅馬書的不同。
以上這些歧異，使許多學者以為歌羅西書必非出自保羅之手，可能是保羅一位門徒於較晚時的偽託之作。然而，以上所舉的歧異只是論說角度與著重點之不同，絕非神學觀點上的根本對立。
2. 寫作風格方面
歌羅西書在文學風格和用詞上似有異於保羅其他各書。其迥異之處，一在歌羅西書短短一信中，竟用了保羅其他書信均不見用的字詞達34個之多，而保羅慣用的一些詞語於當用之處卻不見用；二在保羅寫作慣用辯證體，極似當時猶太文士間流行的一種議論文，而歌羅西書的文體卻極似儀典上的祝頌詞或猶太人與早期基督徒中間流行的一種經訓體式，這種文體僅與以弗所書略同，而與保羅其他各書均不相諧。
以上便是懷疑保羅不是歌羅西書作者的理由。然而即使這些理由全部成立，仍不足以使人相信該書非保羅所作。今日學者對歌羅西書是否為保羅所作，意見仍有分歧。下面我們試探討歌羅西書中如何運用傳統觀念，希望能找出解決上述問題的鑰匙。
無疑，過往對保羅事奉的獨立性和他思想的開創性，是有過分強調之嫌。保羅的歸主很戲劇化，而保羅也曾強調耶路撒冷眾領袖與他的蒙召並不相干。故有人以保羅為一獨特的偉人，他高超的智慧開創了重大的神學觀念。然而，儘管保羅有非常的智慧，但若說他的神學是完全獨立於先賢傳統學說之外，則屬不確。
保羅作書，常徵引教會的傳統，這足可顯示他對初期教會傳統的尊奉。我們從他的書信可以看到，凡援引傳統之處必用「領受」或「傳給」這兩個固定的用語，以示崇篤之情；所引者範圍也廣，有關於教義的論述（例：林前11:23-25，15:3-7），有對行為的規訓（林前11:2、17；帖前4:1-8；帖後2:5，3:6），有些是取自頌讚基督的詩歌（腓2:6-11；西1:15-20），或取自認信表述（羅1:3、4，3:24、25，4:25），也有取自主耶穌基督的話（例：林前7:10、11，9:14；帖前4:15），還有其他的傳統材料。
細讀歌羅西書就會發現，其援引傳統之多超於保羅其他書信。
欲將書中所援傳統一一準確標出，確有困難，但下列數處很顯然是出自早期教會用於敬拜和訓導的傳統：
1. 歌羅西書一章12至20節，二章14、15節是頌讚基督創世和救世之功的詩歌和認信表述；
2. 歌羅西書三章5至14節表列出惡行與德行，想是根據早期洗禮所用的材料；
3. 歌羅西書三章18節至四章1節是早期教會用以規誡家中成員的所謂「家規」，類似材料也見於以弗所書、教牧書信，和同時代的某些經外著作。
此外，歌羅西書的結構反映一固定的書信格式，全信約是基於傳統材料，自然對其風格、詞彙和神學角度均有顯著的影響。而上述關於作者的種種疑問正是針對這些段落而發的。
歌羅西書傳統材料比重之大，說明保羅認為這些材料對讀者十分重要。保羅的訓導將這層意思表達得十分透徹，他說：「你們既然接受了主基督耶穌，就當遵他而行。在他裏面生根建造，信心堅固，正如你們所領的教訓，感謝的心也更增長了」（2:6、7），請注意「所領的」和「教訓」兩詞的用法。
基督徒理應按有關耶穌基督的權威教導來規範自己的道德行為。基於此，保羅告誡歌羅西的基督徒慎防「理學」和「虛空的妄言」的誘惑，因為這些理論背離基督的教導而屈從於人間的傳統和世俗的精神（2:8）。
