發現《死海古卷》之後,有不少書刊陸續出版,讓世界各地的學者有機會讀到初步發現的資料。可是,要看到成千上萬來自4號洞穴的殘篇,就困難得多了。這些殘篇由東耶路撒冷(當時屬於約旦)巴勒斯坦考古博物館的一小群國際學者負責保管與解讀。由於當時約旦正與以色列正交惡,這個考古團隊裡並沒有任何猶太教或以色列學者,反而幾乎都是天主教出身的神父,以及基督教的學者,只有一位沒有宗教信仰的純學者。這樣的安排引起不少人非議。
該考古團隊的政策是,官方未公佈研究結果前,就不准任何人查看書卷。考古團隊的人數也保持有限的數目,始終只有八、九人。每逢一個隊員去世,只可讓 另一個學者加入去取代他。事實上,數以萬計的死海古卷殘片,大多僅剩幾公分殘片,彷彿巨大的拼圖工作,因此這一個考古隊其實需要更多的學者協力,才能應付
如此龐大的工作量。有些時候,他們甚至還需要更多精通古希伯來語和亞蘭文的專家才行。詹姆斯·范德卡說:「八個專家,不管多高明,根本應付不了成千上萬的殘篇。」
在1967年爆發的「六日戰爭」,以色列自約旦手中奪得了東耶路撒冷、約旦河以西的領土,於是自此死海古卷改為歸以色列監管,但死海古卷的研究團隊仍然維持原來編制,沒有人給書卷的研究小組制定任何不同的政策。發行4號洞穴書卷內容 公開的事更公然耽延了近三十年。以〈庫姆蘭社區的共同規則〉為例,該殘篇於1952年就已挖掘在第4洞挖掘出來,但不知為什麼,拖至30年後的1984年 才終於第一次公開文章內容,而且全文近150多行卻只公佈了6行,如此無效率的工作成績,讓國際考古學者對此表示強烈不滿。1977年,牛津大學的蓋佐·韋爾邁什教授,更公開抨擊此一獨佔考古資源的事件為20世紀學術界的最大醜聞。由於對於古卷內容的公開,令人感覺遮遮掩掩,於是當時甚至開始出現傳聞說:這是梵諦岡的天主教會基於內容敏感問題,因而在背後故意施壓拖延,以隱瞞某些真相,不願透露書卷中對教會不利的資料。
1980和1990年間,以色列政府在國際學術界的輿論壓力下,終於決定讓研究團隊的人數增加至20個學者。但基本上在他們公開研究結果之前,所有內容仍然限定只能由該團隊的人能接觸,依舊採取保密遮掩的態度。
然而1991年,事情出現了意想不到的重大突破。首先,在1985年於美國成立的聖經考古協會,於1991年正式印行《未發表的死海書卷初版》。這本書是該協會透過各種不同秘密管道,所積極取得的死海古卷照片檔案整理而成,並根據聖經語詞索引,在電腦支援下編成的。接著,美國的加利福尼亞州聖馬力諾的杭廷頓圖書館也公開了他們四處蒐集的死海古卷檔案照片或摹本,並宣佈他們願意向任何學者提供整套書卷的圖片,於是《死海書卷摹本》面世,書中圖文並茂,以往沒有發表的書卷現在都能夠一一讀到。原本以色列官方考古團隊打算對他們提出訴訟,以制裁他們的越權行為,但此舉引起考古界的輿論譁然,最後在國際學術界學者們的強大批判壓力下,以色列當局終於讓步,放棄提告的想法,轉而採取開放的態度。
1992年,在新委任的總編輯,耶路撒冷希伯來大學的伊曼紐爾·托夫領導下,研究隊的成員更增至50多位學者。他們訂下嚴格的時間表,要把剩下的抄 本,連同學者的詳細評論和修訂,全部付梓。於是,在1990年代,始終被神秘傳聞色彩所包圍的《死海古卷》終於全部印行,如今已可供所有人自由查證。從最 後公佈的結果清楚表明,其實從一開始,就根本並沒有人企圖隱瞞事實,也沒有任何書卷被人刻意銷毀或藏起來,進度緩慢的原因純粹是古卷殘篇支離破碎,拼圖工
作困難,而研究團隊又堅持不擴增團隊人數所致。由於如今書卷內容已全數發行,學術界對死海古卷的全面的分析,也在1990年代終於開始全面積極展開,於是
大量的研究書籍陸續出版。
2011年起,Google公司與以色列文物管理局合作,利用美國航太總署(NASA)開發的多光譜成像技術,將死海古卷予以數位化掃瞄並整理後,陸續公開在網站上供查閱及翻譯。