聖經是用文字寫成的，它也是上帝的話語。要明白經文的意思時，最基本的工具是要明白句子的意思。文字，是句子的最基本結構。我們必須研究文字的意思(語源學，etymology)，比較文字的使用(上下文的意思)，在文化中的應用(要使用聖經字典，神學詞典，或註釋書)。
我們必須查考經文中的字詞，尤其是重要的字眼。這須要對聖經原文的文法稍有認識。另外，也要借用一些聖經字典或神學辭典。首先把重要的字眼或詞句列出來，然後參考聖經原文字典或神學辭典（如果不會原文，那必須先從「聖經原文字彙中文彙編」這本書中找出原文字典的號碼，藉著這號碼再到原文字典或原文神學詞典去認識該字的字義）。
以下是一些有用的原文字典和神學詞典：
(這裏先介紹給學生。我們不要求你立刻要去購買這些工具書)
1. 聖經百科全書：
G. W. Bromiley ed. The International Standard Bible Encyclopedia. 4冊. Grand Rapids: Eerdmans, 1979-.
J. D. Douglas ed. The New Bible Dictionary. London: IVP, 1962.
中文的有證主出版 《證主聖經百科全書》。香港：證主，1995。
2. 新約原文字典：
W. Bauer. 《新約希臘中文辭典》。王正中編。台灣：浸宣，1986。
J. P. Louw & Greek-English Lexicon of the New Testament Based on Semantic Domians. 2冊.
E. A. Nida eds. United Bible Society, 1988
舊約原文字典：
F. Brown, S.Driver & A Hebrew and English Lexicon of the Old Testament.
A. Briggs Peabody: Hendrickson, 1979.
3. 新約神學辭典：(要注意這一類辭典都含有編寫者自己的神學主觀觀點)
G. Kittel ed. Theological Dictionary of the New Testament. 10冊. Grand Rapids: Eerdmans, 1964-76.
C. Brown ed. New International Dictionary of New Testament Theology. 3冊.
Grand Rapids: Eerdmans, 1975-1978.
舊約神學辭典：
G. J. Botterweck & Theological Dictionary of the Old Testament. 5冊.
H. Ringgren. Grand Rapids: Eerdmans, 1974-.
R. L. Harris. Theological Wordbook of the Old Testament. Chicago: Moody, 1980.
（中文版： 《舊約神學詞典》。台灣：浸宣，1999。）
例子：查考《新約希臘文中文辭典》／Bauer's, A Greek-English Lexicon of the NT and other Early Christian Literature, 關於約3:1-15重要字詞，獲得資料如下：
神蹟（Semeion）：原意是「記號」或「有意義的標誌」。
1．可以是一個歷史的指標，末世的記號，彌賽亞時代的記號，一個警告性的記號，或者給未信之人的記號。
2．一個神蹟，由上帝或基督所實行出來。
可見約翰不像符類福音作者使用大能的神蹟（dunamis）及驚奇的事蹟（teras）來看耶穌所行的奇蹟。約翰認為耶穌所行的奇蹟完全是一個時代的記號，不只是証明彌賽亞的來臨，也要求不信之人藉著這記號來認識衪。
重生（anothen）：是個雙關語（一字二意），可是「從天上而生下來」或「再從新生出來」之意。尼哥底母當時只會意第二個意思，可見他一直以來並不明白一個由天上而生下來的屬靈生命是怎樣的。
水生的（hudatos）：
1．指由地土所出的水。除了吃用之外，也是用來潔淨(太27:24;路7:44;約13:5)、維持生命和洗禮之用途等。
2．被象徵化了，指耶穌所賜令人得生命益處的水，故稱為生命之水(約4:10)。猶太人文件多次這樣使用。
可見這水是一個象徵性字眼，與生命有關。
聖靈如風（pneuma／Ruah）：含有多重意思
1．吹動的風/氣流。
2．賜人生命的靈／魂。
3．塑造個人性格，感情，精神的靈。
4．一個獨立位格的靈。例如，神、魔鬼。
5．專指上帝的靈、基督的靈、聖靈、或擁有上帝的靈的人。這是從上帝的靈而生的人與肉體及情慾而生的人的區別。
6．住在人之內的靈。
聖經學者認為約3:3-6節「靈生的」是指由上帝的靈而有的生命，與肉體及情慾有別。另外，靈(pneuma/ruah)和氣息(Nephesh)也有所分別：Ruah是人理性生活和不朽生命的根源，包含意志、理智和良知。Nephesh卻是人的慾望和情感的發源地，人類的不同性格就是由nephesh所形成的。
人子（Huios Anthropos）：在耶穌時期猶太人認為是一位由天上來的人物，衪可行彌賽亞的作為，例如審判世界。相信這認識是受但以理書7:13的影響。衪是一位末世的人物。這稱號在福音書出現八十二次，多是耶穌用來自稱。福音書之外則比較少用（徒7:56;來2:6;啟1:13;14:14），都是用來形容耶穌基督。
