1. 問候（1:1-2）
作者自稱是保羅，並自述是蒙揀選、得父神及其子基督耶穌賜下權柄的使徒。保羅可以向年輕牧者和教會，說出帶著權柄的話。本書是保羅寫給其親愛的屬靈兒子提摩太的，保羅並向他發出三重的祝福──從上帝而來的恩惠、憐憫和平安。
2. 異端的神學（1:3-20）
保羅把提摩太留在以弗所的其中一個原因是，他希望提摩太「囑咐那幾個人不可傳異教」（1:3）。
保羅認為一個人的信念，與他的行為同樣重要。這裡所描述的異端是諾斯底派的雛型；諾斯底派是最危險的異端，教會與之爭持了多個世紀。
這些諾斯底信徒自稱比一般基督徒對真理有較深遠的見識。他們以上帝為靈、人為物，劃分兩者的界線。對於諾斯底信徒來說，神人兩者之間有無數的天使，天使又有不同的等級，有半神體、分神體等，而不單只有一位中保──耶穌基督。他們指基督教充滿神話和寓言。他們寧願取悅那一群無數的天使，以得著救恩，而不是憑信心接受上帝的拯救。他們對於界定罪的律法有特別的看法。但正如保羅本人清楚知道的，就是惟有上帝的恩典可以拯救罪人。
3. 教會中正確的敬拜（2:1-15）
「我勸你，第一要為萬人懇求、禱告、代求、祝謝。」（2:1）禱告在基督教會的敬拜中，佔有極度重要的位置。保羅強調信徒要特別為國中在高位的人禱告（縱使那是羅馬帝國，
那 君王是尼祿）。保羅在羅馬書十三章，已對此作出清楚的教導；耶穌也曾對門徒說，該撒的物當歸給該撒（太22:21）。
基督徒無論男女，也應向上帝禱告，向上帝舉起聖潔的手，舉起那沒有罪惡、憤怒和怨恨的手。
「又願女人廉恥、自守，以正派衣裳為妝飾，不以編髮、黃金、珍珠，和貴價的衣裳為妝飾；只要有善行，這才與自稱是敬上帝的女人相宜。」（2:9、10）
保羅然後繼續說：「我不許女人講道，也不許她轄管男人。」（2:12）
今天各基督教會仍在爭論婦女在教會中的地位。雖然，兩性之間在某些方面仍有分別，但女性的地位卻已在許多方面有了巨大的改變。但在這時，保羅並不准許女性擔當教導男性的工作，或是擔當管轄男性的職位。
4. 教會中正確的組織（3:1-5:25）
「『人若想要得監督的職分，就是羨慕善工。』這話是可信的。」（3:1）
在3封教牧書信中，監督的職分明顯是地方教會中的事奉人員，而不是教會的管理人，如二世紀早期的教會的主教。保羅在提多書一章4至7節，把長老與監督相提並論；於是，學者大多認為，保羅只是把這兩個詞語交換使用。提摩太的工作大概跟今天教會中的牧師最為接近，長老（監督）和執事則協助他治理教會。
渴望在教會中作長老是值得的。但一個人若希望獲選擔任這職位，便必須具備很高的資歷。他必須是一個在教會內外皆受尊重的人。聖經中列出大部分的條件都頗為清楚，其中有數點是頗為值得注意的。
「作監督的，必須無可指摘，只作一個婦人的丈夫。」（3:2）
希臘原文直譯為「一個女人的男人」。這便清楚禁止了一夫多妻制，也杜絕丈夫對妻子不忠的情況。這條件大概不會排除一個已離婚並再婚的人，或從未娶妻的獨身漢。教會應堅持其領袖要合乎高度的道德標準。
長老若要在教會中執行紀律，必先管理自己的家庭生活。監督也不可因酒滋事。保羅並沒有完全禁止人喝酒，只是清楚要求長老不可受烈酒的轄制。一個擔任長老高職的人，也不應是初入教的人，恐怕他因此自高自大，不能作一個好長老。
總括來說，只有品格卓越的人，才可獲選擔任教會中的長老或監督等高職。
保羅跟著談及執事的職分：「作執事的，也是如此：必須端莊，不一口兩舌。」（3:8）
作執事的資格實質上與作長老的一樣。被選任為執事之前，他們必須在教會有事奉的經驗。提摩太前書三章11節指出女性方面應有的資格，經文所指的，可能均指女執事和執事的妻子。第12節則繼續指出教會對執事一般的要求。
保羅告訴提摩太說，他希望不久可以來看他和探望教會，但在他可以起行之前，他以這封書信幫助提摩太解決揀選教會領袖的困難。他知道過一個良好的基督徒生活並不容易，但基督可以助他成功。保羅其後用以形容基督的句子，許多學者認為他是取自早期一首崇拜基督的讚美詩（3:16）。
保羅在第四章強調提摩太作為教會牧者的職責，尤其是他與教會中異端的關係。保羅稱他的世代為「末後的世代」，所以異端是意料中事。
一些諾斯底派的異端，教導一種錯誤的禁慾主義，包括禁止嫁娶和禁戒食物。但事實上，上帝已讓人使用和欣賞這些東西，以彰顯上帝的榮耀。提摩太的牧職是把上帝的真理教導會眾，不容許自己陷於討論異端那「世俗的言語」和「荒渺的話」中（4:7）。保羅鼓勵提摩太以不斷的屬靈操練，使自己的靈強壯，而且屬靈的操練遠比身體的操練重要。
保羅知道提摩太是一個年輕人，一些較年長的基督徒可能會因他的年紀而輕看他。提摩太應更努力，「在言語、行為、愛心、信心、清潔上」（4:12），爭取他們對自己的欣賞。因為上帝已呼召提摩太，教會亦已按立他，所以他應努力生活，以完成這些重任。
保羅給予提摩太一些十分實際的意見，指出一個年輕的傳道人，應如何與教會中不同年齡和性別的人相處。提摩太應待老年人如自己的父母親、少年人如同弟兄姊妹──重要的是，「總要清清潔潔的」（五2）。
保羅十分實際地處理教會中慈善的問題（5:3-16）。他特別處理了寡婦的問題。當時，婦女工作的機會極少，且還沒有社會保障和保險制度，婦人一旦失去丈夫，便自然落入絕望的境況中。早期的教會為寡婦造了一份名冊，好讓她們得到照顧。由於出現了不同的實際問題，保羅於是針對這些問題，給予一些意見。他鼓勵年輕的寡婦再婚，由丈夫供養她們。若是有能力的家庭，應認清自己有責任照顧家中有需要的寡婦。那麼，教會便可負責照顧沒有家庭、年老的寡婦。教會既有參與慈善工作的義務，便應盡責、智慧和公平地使用其有限的資源，以達致最佳效果。
即使在早期的教會，牧者也是受薪的。保羅說，他們「當以為配受加倍的敬奉」（5:17）；他又引述舊約，作為他發出這命令的權威。
就是古代的教會領袖也並不是完全人，他們的缺點也需要加以處理。有些人喜歡批評教會領袖的弱點。人應拒絕聽受那些批評，除非最後證實那是真實的。若是這樣，教會便應大公無私地執行紀律處分。
教會不應太倉猝地揀選和按立教會領袖；不可忽視他們的罪，否則，那些罪便好像是被認可似的。保羅也提醒提摩太遠離諸罪。
對於許多基督徒來說，提摩太前書五章23節是一個難題。早期的一些基督徒顯然認為信徒應完全禁戒酒精；至少諾斯底派異端的禁慾者有這個看法。但保羅明明地勸提摩太用一點酒，「因你胃口不清，屢次患病」。最低限度，以酒作藥用在這裡是容許的。基督徒喝酒的問題比這一節所教導的，實在遠為複雜。
本段以另一種處理教會領袖犯罪的方法作結（5:24、25）。若所犯的罪是明顯的，犯罪者就必須受教會的處分。有時候，一些罪對人來說是不明顯的，但上帝卻知道，並加以處理。反過來說，教會領袖的善行也是這樣。
5. 有關基督徒生活的一些實際教導（6:1-21）
昔日奴隸制度是認可的。基督徒奴隸應當是好奴隸，基督徒主人也應當是好主人。在許多世紀之後，基督徒原則否定奴隸制度，但當時若要保羅或任何人帶領一個推翻奴隸制的行動，是極之不可能的。保羅再次勉勵提摩太，遠避異端的教訓，要忠心地教導福音的真理。
這部分有兩段（6:6-10、17-19）談及基督徒對於財富的態度。保羅謹守耶穌的教訓。金錢可以成為一個假神，並為教會中的成員帶來各種罪惡。然而，金錢也可用來事奉上帝，並轉化為天上的財寶。
