這卷福音書在結尾告訴我們，它是由「耶穌所愛的那門徒」寫的（約21:20、24），但可惜的是，此書其他地方卻沒有告訴我們這位門徒是誰。有證據顯示，此人極可能是那位主所摯愛的門徒──使徒約翰。按照我們從其他福音書所得的資料，此人出現的場合，正是我們預期約翰會出現的場合。
這卷福音書的作者，對耶穌時代的猶太人和巴勒斯坦表現得有很深的認識。他很熟悉猶太人對彌賽亞的盼望（例：約1:20、21，4:25，7:40-42，12:34），瞭解猶太人和撒瑪利亞人之間的敵意（4:9），以及法利賽人對「百姓」的鄙視（7:49）。他認識到宗教學派的重要（7:15）。他知道守安息日的方式，亦明白到可以不顧安息日的規則，在第八天行割禮（7:22、23）。
對於廣泛的猶太觀念和習俗，這卷福音書都能以肯定的筆觸揮灑自如。在描述地形時，也出現相同的情況。作者提及很多地方，他所採用的地名，似乎全都正確無
誤。他提到迦拿，是我們從未在任何較早期的文獻中聽聞過的一條村落，意味著這資料幾乎肯定是來自一個真正認識該地方的人。他相當精確地指出伯大尼的位置，
是離耶路撒冷約15史達第（即約2哩，11:18）。他數次提及耶路撒冷內或附近的地方，例如畢士大（5:2）、西羅亞（9:7）和汲淪溪（18:1）。當然，這並不排除作者是與約翰同時代的另一人，但若作者是後期的人，在遠離巴勒斯坦的地方寫作這卷書，卻不大可能。正如威斯科特在十九世紀末所主張，從我們擁有的證據顯示，約翰福音的作者是耶穌時代巴勒斯坦的一名猶太人。
對於許多研究者來說，約翰福音似乎常標誌著一名見證者的記錄。例如，耶穌在「庫房」教訓人（8:20），這一點似不太重要，即使不提及它，也可輕易帶出整個事件。它好像是某人的回憶，在他寫書的時候，他的腦海便呈現了當時的情景。當婦人打破香膏瓶，屋就滿了香氣（12:3）；這對敘述沒有重大影響，卻是在場人士會記起的一項細節。作者亦指出，那些餵飽了群眾的麵包，是用麥子造的（6:9）；耶穌的裏衣沒有縫兒，是上下一片織成的（19:23）。他告訴我們，用來迎接耶穌的樹枝，是棕樹枝（12:13）；當猶大出去的時候，已是夜間（13:30）。在整卷福音書都可找到類似的例子，若認為它們只是試圖營造逼真的氣氛，似乎並不合理。它們看來是顯示作者所寫的，正是自己曾親身經歷的事件。
初期教會似乎毫無疑問地接納了約翰是本書的作者。愛任紐、亞歷山太的革利免去及特土良，均視這位使徒為作者。首先以約翰福音這書名引述此書的，是安提阿的提阿非羅，時約主後180年。
那些反對約翰為作者的人，所強調的是這卷福音書與符類福音之間的差異。其論點是，倘若耶穌是馬太、馬可和路加所描述的那位基督，祂不可能像第四卷福音書
的那位基督一樣。這是一個完全主觀的論據，忽略不同的人對任何偉大的人物均會有不同的觀點。多個世紀以來，教會所持的意見是：耶穌的偉大，足以為兩幅畫像
提供靈感。換句話說，我們沒有理由去堅持，頭3位福音書的作者，已將有關耶穌的所有事告訴我們。若說約翰只是從另一個角度，將耶穌的生平和教訓告訴我們，並沒有矛盾的。雖然我們未能排除所有的疑點，以證實使徒約翰便是本書的作者，但我們卻能夠說，持這觀點比任何別的看法更合理。
使徒約翰是西庇太的兒子，原為漁夫，後蒙耶穌呼召成了十二門徒之一（太4:21-22），與兄弟雅各有同一別號 ── 「雷子」（參可3:17; 路9:49; 52-54）。耶穌升天之後，約翰於早期耶路撒冷的教會中扮演著重要的角色（參徒3:1; 8:14; 加2:9）， 後來曾被充軍至拔摩海島（啟1:9）。據教會的傳說，約翰在所有使徒中活到最老，後在以弗所逝世。
