(約3:1-15)
這是一個談話：耶穌與尼哥底母這兩位具代表性人物。相信談話地點是在耶路撒冷城中。內容多是談話資料，敘述資料卻相對減少。
尼哥底母突然出現在耶穌面前。當談話進行時，他卻漸漸消失了：本來是一對一「你」「我」卻變成眾數「你們」及「我們」。因此，今天我們所聽見並不是一對一的「對話」，卻是兩人所代表的圈子 -- 耶穌代表了基督教，而尼哥底母代表了正統猶太教的對話。(下一章撒瑪利亞婦人卻是代表當時非正統猶太教)。可見與正統猶太教對話是以「重生」或是永生話題來談論，而與非正統猶太教卻是以在那裡「敬拜」來作話題。
這談話至少說明一點，就是猶太教並不能真正帶領猶太人達到上帝所要他們得到的永生，不管他們對律法有多熟悉，而耶穌所帶來的福音卻能達到這目的。
「法利賽人」，「猶太人的官」(當時猶太公會七十二成員中的一員)，「以色列人的先生」這些名稱似乎一起說明尼哥底母代表了正統猶太人。另外，他還是一位對上帝律法熱心的人。
「夜裡來」有三個可能性解釋：
(一) 可能是因為怕白天被其他猶太人看見，
(二) 這是一個「象徵」；指明尼哥底母從黑暗裡來，要面對耶穌這「光明」，正如在這章第十九至廿一節所說，
(三) 當時背景說明拉比們通常教書及辯論至深夜。
尼哥底母稱耶穌為「拉比」也說明他願意把耶穌與他放在同等地位。
「從上帝那裡來」至少說明不只是一位老師，而是含有“先知”意思。「上帝同在」似乎指明耶穌是那麼特別，就如上帝與摩西同在(出3:12)或上帝與耶利米同在一樣(耶1:19)。也因為這樣衪才可以行神蹟。
「重生」(ανωθεν)這希臘文字本來含有兩個意思：就是「第二次再生出來」及「從上頭而生」。可見這是一字二義的詞彙。也可見尼哥底母只領會了前一個意思；只是最普通或表面意思。
從耶穌的回答中，見到兩句平行句子：
我實實在在的告訴你 -- 人若不 ---- 重生 ----- 就不能 - 見 -- 上帝的國。
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我實實在在的告訴你 -- 人若不是從 - 水與靈生 - 就不能 - 進 -- 上帝的國。
這平行句子說明：「重生」與「水與靈生」是平行同義。「見」與「進」也是平行同義。
「見」在希臘文含有「經歷」的意思。尼哥底母認為他可以從耶穌所行神蹟中“見”到耶穌是誰。可是耶穌卻回答沒有人能「見」到上帝的國，即使是透過神蹟。
「水與靈」這詞句的解釋引起許多異議：
一. 水代表自然或是肉體的誕生，而靈代表超自然的誕生，或是把「水」當著是「 地上的事」，而「靈」當著是「天上的事」(如第十二節所說)。
二. 一般解經者相信「水」是指施洗約翰的水禮，是當時猶太人所領受悔改之禮，而「靈」是指基督教的重生。說明悔改的水禮不足夠，而需要靈的重生(Westcott，108-109)。
三. 把水當著是基督教當時的洗禮，就如耶穌之前水的洗禮(約1:33)。
四. 有解釋說是指上帝的道(王明道：「重生真義」)。
五. 有解釋說水就是聖靈(約4:13;6:37;7:39)，只是重複字。
舊約並沒有直接提出水和靈的洗禮。但是上帝的靈在末世將澆灌上帝的子民(珥2:28)。只有一處指明水和靈將出現在一起使以色列人潔淨並獲得新心跟隨上帝(結36:25-27)。
一般上，學者認為這名詞代表一樣東西，就如平行同義的「重生」，也就是一個因彌賽亞而改變的新生命(Carson, The Gospel of John, 頁195)。
「上帝的國」這個名詞並沒有在舊約中出現過，但是相似的觀念比如主的國度及主的統治或主是王卻常出現(出15:18;詩93:1;103:19)。先知們也常預言這國度將由大衛子孫統治(賽9:1-7;亞9:9-10)，主的僕人將統治(賽42:1;49:1)，主自己將統治(賽9:1-7;33:2;亞14:9)。這國度是將來的，也是永遠的(撒下7:12-16)。尼哥底母作為一位猶太人先生，要進入那將來上帝的國度就是要進入永生。福音書有同樣的表達(可9:43,45「進入永生」等於9:47「進入上帝的國」)。當時猶太人認為所有的猶太人都會進入這上帝的國除非犯了故意犯的罪(Mishnah Sanhedrin 10:1)
「風隨意吹…靈生的也是如此」希伯來文RUAH(靈) 這一個字含有兩個意思：靈及風。耶穌是在巧弄這字的雙重意思，尼哥底母卻捉摸不到當中巧妙之處。耶穌指責他說「你是以色列人的先生」為什麼還不懂呢？這裡也說明重生的事確實如此，靈生或重生的發生好像風一樣，令人捉摸不定，也意料不到。
「仍舊在天的人子」可能是因為約翰編寫這福音書時是在耶穌復活升天以後。因為是作者的註解，學者任為應該把這一節括弧(parenthesis)起來。
「摩西舉蛇」一事記載在 民21:4-9。當時被蛇咬的人如果望見並相信上帝會醫治，將得生命。這樣耶穌「被舉起來」預表了相信耶穌「被舉起來」或被釘將得永遠的生命。要知道耶穌並不是預表那蛇，而是那「被舉起來」。
結論：這一段約翰獨有的記錄是藉著與猶太教談話幫助我們了解整個重生的意義。
後語：我們不知道尼哥底母是否從談話中明白過來(或得了重生)所追求的永生。後來我們卻見到他如何在公會中為耶穌講話，也出錢出面來膏抹耶穌的屍體。(約7:50;19:39)
