改革宗聖經神學非常強調系統神學與聖經神學之間密不可分、相互影響、相互促進的關係，雖然兩者從不同的角度，以不同的方式研究上帝的啟示，但上帝的啟示只有一個，無論從哪種角度，從一種方式所發現所總結的上帝的啟示，只要是合乎聖經，就必然要對另一種方式產生影響。
這一點是改革宗聖經神學與很多福音派的聖經神學最大的區別之一，有很多福音派的聖經神學過於強調自身的獨立性，而拒絕系統神學的影響。在他們眼中，應當嚴格按照釋經→聖經神學→系統神學的邏輯思路，聖經神學應當最終影響並決定系統神學，而不是相反。可問題在於，當我們在進行釋經和進行聖經神學研究時，我們一定是帶著自己的前設的。實際上，我看過一些福音派的聖經神學書籍或文章，裡面或多或少都反映出他們自身的神學前設，這些前設構成他們聖經神學研究時的前提和思路。實際上，一個更合理的邏輯思路是：釋經、聖經神學、系統神學的相互關係不是單向線性的，而是三者彼此影響，彼此修正，不斷歸正的螺旋線。系統神學為聖經神學提供基本的神學前設和信念，而聖經神學的發展又反過來促進系統神學的發展。
比如改革宗聖經神學毫不猶豫的以改革宗系統神學中的基本教義作為其前設：如聖經作為上帝啟示的最高權威性；啟示的歷史性、漸進性、一致性；啟示包括上帝的作為和話語；上帝在所有被造物以及歷史中的主權……Richard Gaffin在分析霍志恆之所以能夠率先開創“改革宗聖經神學”的方法論時，認為荷蘭和美國的改革宗神學家對霍志恆產生了極大的影響，尤其是巴文克，他在其《改革宗教義》一書中提出特殊啟示具有三個基本特徵：
1）啟示的歷史性和漸進性；
2）啟示包括上帝的作為和話語；
3）啟示的核心是救贖性的。
而且，他也提到前兩個基本特徵（即啟示的歷史性和漸進性，以及啟示包括上帝的作為）在他那個時代才才得到更多的討論和強調。
並且，改革宗系統神學中的一些結論也在引導聖經神學思考經文的方向：如在研究歷史書時，改革宗聖經神學從三個方面思考“上帝的不變”：屬性、聖約的應許、永恆的預旨，而這些概念都來自於改革宗系統神學（今天一些基督徒對“上帝的不變”的教義有錯誤的認識，如第三波靈恩運動將約書亞記第6章中以色列環繞耶利哥城的舉動當作上帝不變的作為，而推導出所謂的“行軍禱告”的理論。“上帝的不變”不是一種希臘哲學式的“不動的推動者”，上帝有位格，祂的情感和祂在時空界中的作為常常有不同。實際上，今天有些改革宗的學習者也錯誤的理解了先知的預言，將其當作上帝不變的旨意）。
那麼，聖經神學對於系統神學又有什麼影響或者說益處呢？簡單借用Richard Gaffin的觀點：
第一，聖經神學不斷提醒系統神學有關啟示的歷史性，避免其越來越走向“抽象化”，而成為宗教哲學；
第二，聖經神學提供了更符合整本聖經上下文的解經，這極大促進系統神學的發展。
這表現在以下幾點：
1）為系統神學提供一些似乎是邏輯矛盾問題的聖經解答：如關於上帝“普遍的愛”和“揀選的愛”，改革宗神學很強調聖經中表現出兩種不同的“上帝的愛”，一種是“普遍的愛”，如太5:43-48，上帝的這種愛無遠弗屆，遍及所有的人，但並不促使上帝拯救他們；一種是“揀選的愛”或“特殊的愛”，如【羅9:13】 “正如經上所記，雅各是我所愛的，以掃是我所惡的。”（這裡並不像一些福音派學者所說，只是表示一種相對的愛，比較瑪1:2-4）
上帝的這種愛只是針對選民，而且這種會促使祂以自己的生命拯救他們到底（羅8:31-39,約13:1）。一些阿民念主義者會表示反對，他們說：“上帝的愛就是上帝本體的一部分，是不可分割的，而你們加爾文主義者割裂了上帝的愛，你們的上帝是割裂的上帝。”
傳統改革宗神學對此的反駁是訴諸“上帝的不可知性”，我們承認這裡面有奧秘，但這就是上帝的啟示，我們安息在其中就好了。然而，這樣的解釋似乎很難讓阿民念主義者滿意。不過，聖經神學的發展卻為我們提供了更好的解答。實際上，改革宗系統神學承認，上帝的本體是超越時空的，是超越我們理解的，作為有限的時空內的被造物，我們根本無法真正認識上帝本體的無限、永恆的愛，如同三一上帝自我所認識的那樣，唯有當上帝俯就我們，以我們能夠理解的方式向我們啟示他自己，我們才能認識和理解。上帝俯就他自己的方式就是通過他與人立約，透過約向人顯明自己（見威斯敏斯特信條7：1），換句話說，我們所認識的上帝，乃是在約的範圍內向我們顯現的上帝，這是真神，但又是在約的啟示範圍內所自我約束的上帝。
通過聖經神學，在研究“約的動態”中發現，對於不同的約下的約民（所有的人，不管你承認，還是不承認，都是上帝的約民，你不是在亞當之約下，就是在亞伯拉罕之約之下，或者就是在新約之下，你所領受的，或者是約的祝福，或者是約的咒詛），上帝所彰顯的所有的屬性都是不同的，這種不同不是在“質”上，而是在“量”上，在約所界定的程度和範圍上。比如，上帝的愛，我們每個人對上帝的愛的經歷和認識都是在約所界定的範圍內。上帝本體的愛當然是無限、永恆、不變的，但是上帝透過不同的約俯就自己，向不同的約民所彰顯的愛，卻因為約的限制而有所不同。
所謂“普遍的愛”，其實就是上帝的愛透過“挪亞之約”所啟示和彰顯出來的，他讓日頭、寒暑、雨水都得以照常運行，因為“挪亞之約”中的約民就是所有人，所以這種愛就表現為對所有人的愛；而所謂“揀選的愛”，其實就是上帝的愛透過“亞伯拉罕之約”或者是它的真實應驗即“新約”所體現出來的，這種愛針對所有的選民，其程度是拯救到底。
用一個比方來說明，上帝的愛就好像一個無限大的水池，但是我們所喝到的水是由連接水池的水管所限定的，這水管就好比約，有的水管大，有的水管小，我們喝到的水的量也就有所不同。無論是在“挪亞之約”下的約民，還是在“新約”下的約民，我們所經歷到的上帝的愛都是本質上一致的上帝的愛，但卻是由約所約束的上帝的愛。
2）聖經神學豐富了系統神學中對上帝及其作為的認識，通常在系統神學中，我們會說上帝拯救人，是出於他的慈愛；而上帝審判人，是出於祂的公義。但是在詩篇136篇，裡面卻說上帝審判埃及人、擊殺君王，“因祂的慈愛永遠長存”。這裡居然是訴諸上帝的慈愛本性！上帝的慈愛會殺人、審判人嗎？確實很讓人費解。但是通過聖經神學的研究，正如前面所分析的，我們對上帝的慈愛的認識都不是“上帝本體的愛”，而是“上帝在約中所啟示的真實的愛”，詩篇136篇所反映的，正是以色列人透過亞伯拉罕之約所認識的上帝的慈愛，這愛促使上帝審判以色列人的仇敵（創12:3）。
3）在聖經中，我們已經發現了一種系統化的過程，透過聖經神學的研究，可以幫助系統神學按照聖經所體現的系統化過程來思考。這是目前有一些改革宗神學家正在進行的，當然也有改革宗神學家質疑其可能性（如Vern Poythress：這裡需要進一步說明，Poythress不是否認聖經中，尤其是新約書信體現出某種神學系統化的過程，他只是考慮到聖經神學和系統神學不同的特質，從而質疑是否可以將兩者整合成為一體）。
