一. 問候（一1～2）
此處保羅稱提摩太為「親愛的兒子」，與提摩太前書之開頭稱他為「我真兒子」，看得出來保羅是很疼愛提摩太的。首先在信的起頭，就祝福他，「願恩惠、憐憫、平安，從父神和我們主基督耶穌，歸與你！」。
二. 忠心事主，熱心傳道（一3～18）
在勉勵之前，保羅不忘先感謝上帝，他禱告的時候，不住地想念提摩太，並晝夜切切地想要見他；求上帝記念提摩太為他所流的眼淚，可見父子情深。
他進一步勉勵提摩太：勇敢去傳揚主的福音，因為上帝賜給我們的，不是膽怯的心，乃是剛強、仁愛、謹守的心。他強調所傳的福音乃是蒙上帝的恩典，並不是按著人的行為，而是因著基督的救贖，就白白的稱義了（羅三2）；他勉勵提摩太不要怕受這些苦難，因他知道所信的是誰，也深信祂能保全他所作的，直到主再來審判的日子。
保羅勉勵提摩太：要牢牢地守住從前交託給他的善道，諄諄教誨他要盡心盡力為主作見證，以傳福音為己任，置個人死生於度外。不以傳福音為恥；不以苦難為念，時時惦念所託付的福音，就是靠著那加給我力量的，凡事都能作（腓四13）。這點似乎是我們所缺乏的，我們常容易忘記的，只求上帝不斷地加添力量給我們。
三. 作無愧的工人（二1～26）
勸誡提摩太，當在基督耶穌的恩典上剛強起來，並且用了三個比喻：
1. 軍人：不讓世俗纏身，好叫召他當兵的人喜悅。
2. 農人：勞力的農夫，理當先得糧食。
3. 運動員：身經百戰，按規矩得著榮耀的冠冕。
要得上帝喜悅，必須先付出代價，才能得到永生的冠冕，致力傳揚福音，忍耐、自制、持定目標，才能有所收穫，作上帝無愧的工人；不要為無謂的言語爭辯，因為這是令人起爭競的（二23），而且對人沒有益處，只能敗壞聽見的人（二14）。
保羅又講了一個比喻：在大戶人家中，有金器、銀器和木器、瓦器，有作貴重的，也有作卑賤的；如果人能夠自潔，脫離卑賤的事，必可作貴重的器皿，成為聖潔，合乎主用，預備行各樣的善事。他告訴提摩太一個重要的觀念：為善為惡器皿，惟存乎一心。心中自潔，就往聖潔之方向走去；反之，心隨從情慾的誘惑，不畏聖靈責備，反而自甘墮落，那自然每下愈況，無法挽回了。
什麼是主的僕人應有的形象呢？保羅告訴我們：只要溫溫和和地對待眾人，善於教導、存心忍耐，並用溫柔勸導那些抵擋的人（二24～25）。
四. 末世的警告（三1～17）
保羅預言：末世必有危險的日子臨到，那時的人要專顧自己、自私自利、無親情、自高自大、好宴樂、不愛上帝……（詳見三1～7），並且預言敬虔的人會受到逼迫，所以，基督徒要把所確信的存在心裡，就像提摩太從小即明白聖經一樣。在此，保羅提出了聖經的權威性：「聖經都是上帝所默示的，於教訓、督責、使人歸正，教導人學義，都是有益的，叫屬上帝的人得以完全，預備行各樣的善事。」（三16～17）。
末世雖亂，人心雖壞，基督徒還是可以靠著聖經明白真理、瞭解正道，不為世俗之惡流所染，勝過試探誘惑，進一步能行出真理，活出基督，得以完全。
五. 結語（四1～22）
保羅再次提醒：「務要傳道，無論得時不得時，總要專心，並用百般的忍耐，各樣的教訓責備人、警戒人、勸勉人。」（提後四2）。
雖然人掩耳不聽真道，但我們仍然要凡事謹慎，忍受苦難，作成傳道的工夫，盡上帝交託給人的職分。保羅說，他被澆奠、離世的時候到了（四6），就是把自己生命當作祭物，獻在基督的面前（民十五1-12， 廿八7、24）。最後，他寫下了那美麗的樂章：
「那美好的仗，我已經打過了，當跑的路，我已經跑盡了，所信之道，我已經守住了。從此以後，有公義的冠冕為我存留，就是按照公義審判的主到那日要賜給我的；不但賜給我，也賜給凡愛慕祂顯現的人。」
