《約翰福音》是第四卷福音書，在書中並沒有記錄作者姓名，而僅在全書即將結束時略述：「為這些事作見證，並且記載這些事的就是這門徒。」(廿一24)。而『這門徒』就是「耶穌所愛的那門徒」，也「就是在晚飯的時候，靠著耶穌胸膛說：“主阿，賣你的是誰？”的那門徒」(廿一20)。教會的傳統和大多數聖經學者都認為，靠著主胸膛的那個門徒就是使徒約翰。
從本書的內容，可以證明使徒約翰乃是它的作者：
(一)本書作者必然是一個猶太人：
1.深具彌賽亞觀念(一21；四25；六14；七40；十34)。
2.深明猶太人心理(四9~27；七15，35，49；九2)。
3.深悉猶太風俗禮儀(二1~10；七37~38；十八28)。
4.深知舊約聖經(二17；三14；七22；十34等)。
(二)本書作者必然是一個住在巴勒斯坦的本地人：
1.相當熟悉耶路撒冷和聖殿的環境(二14~16；五2；八20；九7；十22；十八1；十九13，17，20，41)。
2.對巴勒斯坦的地理瞭如指掌(一28；二1，11；四4，6；十一18，54；廿一1，2)。
(三)本書作者必然是一個親眼目睹的見證人：
1.親自見過所敘述的事物(一14；十九35；廿一24)。
2.文中對許多地方、人物、時間、動態都有詳盡的描述(四46；五14；六59；十二3，21；十三1；十四5，8；十八6；十九31)。
3.特別是準確地指出事情發生的時間，如：『未時』(四52)、『第三日』(二1)、『兩天』(十一6)、『六日』(十二1)。
(四)本書作者必定是一個使徒：
1.深知眾門徒的心思(二11，17；四27；六19等)。
2.深知眾門徒的私語(四33；十六17；廿25；廿一3~5)。
3.深知眾門徒的秘密行蹤(十一54；十八2；廿19)。
4.深知眾門徒的錯誤(二21~22；十一13；十二16)。
5.深知主耶穌的心意(二24；四1；六60~61；十六19)。
(五)本書作者乃是主所愛的使徒約翰：
1.主所最愛的三位使徒，當推彼得、雅各和約翰(參太十七1；廿六37；可九2；路九28)。
2.在本書中已經明言彼得不是那門徒(廿一20)；而雅各很早就為主殉道(參徒十二2)；故能留下來寫此書者當非約翰莫屬。
3.本書準確地指出其他門徒的姓名，卻故意不提使徒約翰的名字，而用『那門徒』、『主所愛的那門徒』、『西庇太的兒子』等來稱呼約翰(參十三23；十九26；廿2；廿一2，7等)。這是作者有意處處在書中隱藏自己的身分，不過，讀者若是細心查對的話，不難發覺出書中所特意隱藏的名字，就是使徒約翰。
除了上面所述本書中的內證之外，還有一些外證都證明是使徒約翰寫這第四卷福音：
(一)古代的教會一致公認主所愛的那門徒寫這卷福音。尤其是在小亞細亞的那七個教會(參啟一4，11)，當使徒約翰晚年的時候，曾在她們中間作工，故都稔知約翰。當本書流通在她們中間的時候，她們並沒有起來提出異議，說是有人冒充使徒約翰寫這書。
(二)坡旅甲(Polycarp，在示每拿教會的長老，使徒約翰的門徒)，在他的書信中常引用《約翰壹書》和《約翰福音》的話。
(三)帕皮亞斯(Papias，在希拉玻利教會的長老，是使徒約翰晚年的同工)，他常引用《約翰壹書》的話。這《約翰壹書》實在是《約翰福音》的繼續，其語氣、筆法、要旨都是一貫的。
(四)瓦倫提納斯(Valentinus)也是約翰晚年的同工，他承認全部新約的各卷的確實性，特別是約翰所寫的福音是他所最愛讀的一卷。
(五)初期教父愛任紐(Irenaeus)是最早指出《約翰福音》作者為約翰的人。他說：『主的門徒約翰，就是挨近耶穌胸膛的那門徒。』又說：『主的門徒約翰為要提到萬有的真源，就說：“太初有道...”。』
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